Sede San Borja
En la cuadra 14 de la Av. Canadá se encuentran los edificios de la Sede Central del IPEN.
En dicha sede operan las siguientes dependencias:
- La Alta Dirección del IPEN
- El Reactor de Potencia Cero (RP-0)
- El Centro Superior de Estudios Nucleares (CSEN)
El Centro Superior de Estudios Nucleares desarrolla múltiples cursos de capacitación del área nuclear dirigidos al sector empresarial, comunidad científica, universitarios y público en general
En esta sede se encuentra también el Reactor de Potencia Cero, que es el primer reactor que se construyó en el Perú y que cuenta con facilidades de irradiación para la realización de diversas experiencias y actividades de investigación.